1、耳部病变
Kaposi肉瘤为多发性出血性肉瘤，可发生于外耳，表现为红紫色斑块或结节，外耳的卡氏肺囊虫感染为多核性囊肿，病检可发现原虫，盯聍中尚未发现病毒，但可从鼓室积液中分离出HIV，中耳农业中培养可见到真菌、原虫、病毒或分布杆菌，HIV易侵犯中枢神经系统或听神经，早期感音神经性听力减退较为常见。
2、口腔及咽喉病变
口腔和咽部的念珠菌感人是最常见的上呼吸道病变，多见于舌的腹面，亦可发生于咽部或食管，引起咽痛和吞咽困难，病变表便有假膜形成，除去假膜可见粗糙红斑样创面，其能产生内毒素及酶，可穿透粘膜波及深层，茸毛状粘膜白斑常见于舌的腹面或侧缘，为粗厚的白色突起，多固着于上皮表面，据报道，在茸毛状粘膜白斑病确诊后，有48%的病人在16个月之内发展为艾滋病，83%的病人在31个月之内发展为艾滋病，有时咽部可见白色乳酪样的真菌感染，形成部分阻塞，粘膜可因真菌的经常刺激而角化，呈现白斑样的粗糙表现，经真菌镜检查或培养可确诊。艾滋病患者的扁桃体言可由常见致病菌，肺炎支原体和沙眼衣原体等所引起。KS常发生在腭部、颊粘膜、牙龈粘膜和咽后壁，KS和念珠菌感染亦可发生于喉部，导致声嘶，喉喘鸣和喉阻塞。
3、鼻及鼻窦病变
鼻腔和鼻窦粘膜可因阿米巴原虫等感染而引起粘膜肿胀，产生鼻塞，流脓涕或鼻出血等症状，鼻部的疱疹病毒感染可产生巨大疱疹性溃疡，自鼻前庭向外扩展至邻近的鼻翼等处，KS也可发生于鼻部。